Con la colonoscopia podemos revisar el tubo digestivo bajo que comprende todo el colon, recto y ano y en ocasiones la porción más distal del intestino delgado o ileon. A diferencia de la panendoscopia además del ayuno el paciente que va a ser sometido a una colonoscopia debe de tener una preparación de limpieza de su colon para poder visualizar toda la mucosa del intestino sin materia fecal que impide el observar adecuadamente, esta se realiza el día previo al mismo. Es más molesto que un estudio de tubo digestivo superior.

Las indicaciones más frecuentes son:
· Personas con alteraciones en el habito intestinal (Diarrea o Constipación)
· Personas con antecedentes familiares de Cáncer de Colon.
· Personas con síndrome anémico o sangrado de tubo digestivo bajo.
· Personas con cuerpos extraños, etc.

También se pueden realizar tratamientos endoscópicos como:
- Cohibir una hemorragia
- Resecar un Pólipo ( tumor benigno)
- Colocar Prótesis en zonas de estenosis o cáncer
- Extraer cuerpos extraños
- Destorcer Volvulus de Sigmoides, etc.