Una de las porciones más dificiles de estudiar para el gastroenterólogo es el intestino delgado. Se han diseñado endoscopios más largos y delgados con la posibilidad de estudiar estos sitios en pacientes con problemas de diarreas crónicas o sangrados de origen obscuro ( donde no se ha encontrado en los estudios habituales el sitio preciso de la hemorragia ), pero en la actualidad se sigue investigando en mejorar estos equipos y actualmente se cuenta con un enteroscopio de doble balon que permite con mayor facilidad el estudio de todo el intestino delgado.